Staffel 2

Nachdem Lucas und Keith von Dans Herzinfarkt erfahren haben, beschließen sie nach Tree Hill zurückzukehren. Dan beschließt sich zu ändern und will Lucas endlich näher kennenlernen. Dieser will seinem leiblichen Vater eine Chance geben. Nachdem Dan erfahren hat, dass Lucas den gleichen genetischen Defekt hat, der bei ihm zum Herzinfarkt führte, weiht er Lucas ein, bittet ihn aber, seine Krankheit geheim zu halten. Dan versichert ihm auch, sich nicht in die Beziehung von Keith und seiner neuen Freundin Jules (Maria Menounos) einzumischen. Doch dann muss Lucas erfahren, dass Dan Jules dazu benutzt, um seinen Bruder das Herzen zu brechen - aus Rache, weil dieser mit Deb geschlafen hat. Jules lässt Keith am Traualtar stehen und verlässt Tree Hill.

Nathan und Haleys Ehe wird durch die Ankunft von Chris Keller (Tyler Hilton), einem Musiker, auf die Probe gestellt. Haley beginnt, mit Chris zusammen zu arbeiten und scheint auch bald Gefühle für ihn zu entwickeln. Chris eröffnet ihr schließlich die Chance für eine große Karriere, und sie verlässt daraufhin Nathan und Tree Hill zusammen mit Chris . In seinem Frust versucht sich Nathan daraufhin, sich das Leben zu nehmen. Er baut mit einem Rennwagen einen Unfall, den er nur knapp überlebt. Ein Traum verdeutlicht ihm, dass sein Leben auch ohne Haley weitergehen muss, woraufhin er ihr die Scheidungspapiere schickt.

Unterstützt von Karen und Deb wird Peyton zur Gastgeberin des Clubs 'TRIC'. Doch gleichzeitig befindet sie sich in einer dunklen Phase ihres Leben und nimmt Drogen. Als Jake nach Tree Hill zurückkehrt, hilft er Peyton, ihr Leben wieder in den Griff zu bekommen. Beide beginnen wieder Gefühle für einander zu entwickeln und verlieben sich schließlich. Aber Jake ist gezwungen, Peyton wenig später schon wieder zu verlassen, nachdem Nick Jenny entführt hat. Brooke lässt sich derweil auf eine lockere Beziehung mit ihrem neuen Nachbarn und Mitschüler Felix Taggarro (Michael Copon) ein. Nachdem ihre Eltern ihr ganzes Geld verloren haben, zieht Brooke aus dem Haus aus und setzt sich neue Prioritäten. Sie bewirbt sich um das Amt der Schülerpräsidentin - hat in Erica Marsh (Katherine Bailess) aber eine harte Gegnerin. Brooke trennt sich wieder von Felix, nachdem sie herausbekommt, dass er gegen Peyton intrigiert hat. Felix wird von seinen Eltern kurz danach auf eine Militärschule geschickt. Brooke und Lucas kommen sich auf freundschaftlicher Basis wieder näher und Brooke zieht sogar in Lucas' altes Zimmer, nachdem ihre Eltern nach Kalifornien gezogen sind. Lucas trifft sich indessen mit Felix' Schwester Anna (Daniella Alonso), trennt sich aber von ihr, als er merkt, dass er immer noch Gefühle für Brooke hat. Anna küsst nach einem Missverständnis Peyton. Auf diese Weise kommt heraus, dass sie bisexuell ist. Nach ihrem "Coming Out" wird Anna von ihren Eltern wieder auf ihre alte Schule geschickt, wo sie schon eine feste Freundin hatte.

Deb bleibt nach Dans Herzattacke bis auf weiteres bei ihm, kommt mit den Enttäuschungen ihrer gescheiterten Ehe aber bald nicht mehr klar und greift immer häufiger zu Schmerztabletten, was Lucas schließlich herausfindet. Um ihre Sucht in den Griff zu bekommen, begibt sich in eine Drogenklinik. Karen trifft sich mit ihrem Professor Andy Hargrove (Kieren Hutchison), nachdem sie beschlossen hat, das College wieder zu besuchen. Dan findet derweil in Andy einen neuen Erzfeind.

Im Staffelfinale kehrt Andy wegen seiner kranken Mutter nach Neuseeland zurück. Karen entscheidet sich dazu, ihm zu folgen. Sie gerät in Sorge, als sie herausfindet, dass Andy nicht in seinem Hotel eingecheckt hat. Bevor Karen Tree Hill verlässt, glaubt sie, Keith auf der anderen Straßenseite des Cafés zu sehen. Deb kehrt aus der Klinik zurück und findet heraus, dass Dan Nathan eingeredet hat, für ihre Sucht verantwortlich zu sein. Deb erzählt Nathan, dass sie für sich und ihn einen Neustart außerhalb von Tree Hill will. Lucas gibt Deb ein Buch, in dem Dans illegale Geschäfte aufgeführt sind, hinter die Andy gekommen ist. Dan erpresst Deb, ihm das Buch zurück zugeben, und lässt gleichzeitig Lucas wegen seines Verrats endgültig fallen. Auch Nathan bricht mit seinem Bruder, nachdem der sich in die Geschichte seiner Eltern eingemischt hat. Lucas erzählt Brooke endlich, was er für sie empfindet, doch Brooke verlässt für den Sommer Tree Hill. Sie reist ab und plant, ihm später sagen, was sie über seine Gefühle zu ihr denkt. Peyton bekommt mehrere SMS' von jemandem, der sich "WATCHMEWATCHU" nennt und ist sich sicher, dass es sich dabei um die mysteriöse Reporterin Ellie Harp (Sheryl Lee) handelt, die ein offenkundiges Interesse für sie entwickelt. Ellie stattet Peyton schließlich einen Besuch ab und eröffnet ihr, dass sie ihre biologische Mutter ist. Dan findet eine Flasche, aus der ein Glas trinkt, bevor er merkt, dass deren Inhalt vergiftet ist. Kurz bevor Dan das Bewusstsein verliert, sieht er noch eine schwarzgekleidete Gestalt sein Büro betreten und dieses in Brand setzen. Nathan zieht wieder zu Deb. Als er zuhause ankommt, findet er dort zu seiner Überraschung Haley vor. Lucas und Peyton treffen am Strand aufeinander und realisieren, dass sie einander nur für die Zeit dieses Sommers haben ..